Осень 1941 г. Враг наступает по всем фронтам, уже в блокаде Ленинград и в самом разгаре битва за Москву. И в этот момент в руководстве Главного военно-санитарного управления (ГВСУ) Красной армии появляется мысль о создании музея военно-медицинской службы, материалы которого смогли бы отразить ее деятельность на фронтах и в тылу.

Первые месяцы Великой Отечественной войны унесли сотни тысяч человеческих жизней и привели к огромному количеству раненых и больных. Перед советской медициной была поставлена наиважнейшая задача по сохранению боеспособности армии, восполнению человеческих ресурсов и возвращению в строй опытных бойцов.

Летом и осенью 1942 г., в дни ожесточенных боев на улицах Сталинграда и на перевалах Главного Кавказского хребта, мысль о создании музея военно-медицинской службы стала претворяться в жизнь. 12 ноября 1942 г. начальник ГВСУ Ефим Иванович Смирнов издал приказ, в котором говорилось: «Санитарная служба Красной Армии в текущую Отечественную войну накопила богатый опыт по организации оказания помощи раненым и больным на театре военных действий и в тылу. Результаты работы, полученный опыт должны быть зафиксированы и отражены в виде постоянного музея военно-медицинской службы, в котором должны быть показаны все стороны деятельности санитарных управлений фронтов, армий, отдельных частей и городов в виде литературы, препаратов, муляжей, макетов, фотографий, схем и др. Музей должен явиться постоянной учебно-научной базой для медсостава Красной Армии и основой, на которой можно было бы в дальнейшем рационально организовать систему преподавания и научную разработку полученных материалов». Приказ Е.И. Смирнова активизировал уже начатую на фронтах и в округах работу по сбору материалов и военно-медицинских документов, подготовке альбомов, макетов, фронтовых и армейских выставок.