Идея организации музея военно-медицинской службы Красной армии, собрание которого отражало бы работу военных врачей на полях сражений Великой Отечественной войны и в тылу, возникла у руководства Главного военно-санитарного управления Красной армии еще в разгар битвы за Москву. В тяжелейший для Отечества период, когда велись ожесточенные бои на улицах Сталинграда, начальником Главного военно-санитарного управления Красной армии Ефимом Ивановичем Смирновым 12 ноября 1942 года было принято решение об организации Музея военно-медицинской службы Красной Армии, музея-архива с научно-исследовательскими отделами по изучению опыта войн.

Музей был призван решить стратегическую задачу – собрать, проанализировать и обобщить накопленный опыт медицинского обеспечения огромного, невиданного ранее числа раненых и больных. За время войны была оказана помощь 22 миллионам человек. Возвратились на фронт и взяли в руки оружие 17 миллионов солдат и офицеров. Это более 70% раненых и 90% больных. И в этих цифрах есть доля титанического труда сотрудников музея.

В январе 1943 г. был учрежден первый штат музея, а 4 февраля подписана директива о его открытии. Изначально Военно-медицинский музей располагался в Москве: именно там развернулась работа по сбору и систематизации материалов о деятельности военно-медицинской службы в боевой обстановке, открыта первая экспозиция. Как только была снята блокада Ленинграда, коллектив музея стал готовиться к переезду в город на Неве, поскольку именно с Ленинградом музей имел более глубокую связь: значительное число его сотрудников составляли преподаватели и профессора Военно-медицинской академии.

Летом 1944 г. музею был предоставлен комплекс зданий бывшего военного городка на Лазаретном переулке. К июлю 1945 г. переезд музея завершился и ремонтно-восстановительные работы развернулись с особым размахом. Кроме того, велась научная работа, разрабатывался проект экспозиции, продолжался сбор материалов, поступавших из военных округов, госпиталей, медицинских учреждений и от частных лиц. После окончания войны на основе материалов, собранных в музее, был создан фундаментальный труд «Опыт советской медицины в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.» в 35 томах. Постановлением Совета Министров СССР № 664 от 26.03.1946 г., подписанным Иосифом Виссарионовичем Сталиным, работа музейного коллектива была приравнена к труду научных сотрудников Академии медицинских наук СССР.

Наконец, 25 сентября 1951 г. экспозиция, расположенная в здании на Лазаретном переулке д. 2, открыла двери для первых посетителей. Именно в этом здании исторического района Семенцы, где ранее квартировался образцовый гвардейский Семеновский полк, построенном еще в 1799 г. по проекту архитекторов Ф.И. Демерцова и Ф.И. Волкова (двухэтажное здание; третий этаж надстроен в 1866 г.), располагался Семеновский-Александрвоский военный госпиталь – одно из лучших медицинских учреждений своего времени. Здесь в 1844 г. была проведена одна из первых в России труднейших операций по перевязке общей сонной артерии, еще в 1815 г. открыт родильный покой для жен военнослужащих, а в 1908 г. первый в Петербурге зубоврачебный кабинет. Госпиталь был клинической базой для врачей и учащихся Медико-хирургической академии, что позволяло врачам госпиталя поддерживать связь с ведущими специалистами академии.

Фонды Военно-медицинского музея хранят множество документов, повествующих о его истории в различные исторические периоды и в различных учреждениях.

- Здание Семеновского военного госпиталя в Петербурге, 1915 г.

- Прием больных в Семеновском военном госпитале, 1915 г.

- Первые посетители музея в день его открытия 5 ноября 1951 г.

- Вестибюль и лестница первого этажа Военно-медицинского музея Министерства обороны СССР, 1966 г.

- Первая помощь на поле боя. Фрагмент экспозиции зала, на первом плане – группа вывоз раненого на лодке волокуше (2-ой этаж, зал 1), 1962 г.