Карантин как метод борьбы с эпидемиями стал применяться с XIV века. Тогда в Европе бушевала чума, и в Венеции было решено задерживать прибывающие корабли на якоре в море на сорок дней. Отсюда и происхождение слова «карантин» — от итальянского «quarantino» («сорок»).

Позже карантин применялся и при других эпидемиях, например, при эпидемии холеры в XIX веке. Тогда от самой смертоносной болезни века пострадали многие страны Европы, но в особенности Российская империя. Первые случаи заболеваний в России были зафиксированы в 1823 году в Астрахани, но по-настоящему разрушительной стала вторая вспышка холеры в 1830-1831 гг. Тогда русская армия вернулась на родину с победой в русско-турецкой (1828-1829 гг.) и русской-персидской (1826-1828 гг.) войнах, но принесла с собой и опасное заболевание, которое вскоре стало массовым.

Первое время холеру воспринимали как чуму, простуду или отравление и пытались лечиться с помощью молока с маслом, что отмечал А.С. Пушкин. Позже, в сентябре 1830 года Центральная комиссия для пресечения холеры ввела меры предосторожности, в которые, в том числе, входили карантин, заставы и распространение информации через «холерные листки».
В 1831 году холера добралась до Петербурга. Реакцией на распространение болезни стали многочисленные слухи о заговоре врачей-иностранцев, намеренно распространявших заразу, против русского народа, а также холерные бунты и погромы. Когда в июне 1831 года на Сенной площади началось очередное волнение, успокаивать паникующую толпу пришлось самому императору Николаю I, у которого в том же году от холеры умер старший брат великий князь Константин.

В дальнейшем на протяжении всего XIX века в Российской империи случались вспышки холеры, и основной мерой борьбы с эпидемией оставался карантин. Позже добавились методы обеззараживания воды и воздуха, дезинфекция предметов пользования. Последний всплеск заболевания в XIX веке был в 1895 году, а следующая — только в 1908 году.