Медаль предназначалась для всех участников боевых действий на Дальнем востоке, Забайкалье и на Тихом океане. По своему статуту она во многом напоминает медаль «За победу над Германией». Обе награды внешне весьма схожи, отличие составляет лишь портрет Сталина на аверсе, который в случае награды за победу над Германией обращен на запад, а над Японией — на восток. На реверс изображена пятиконечная звезда и дата «3 сентября».

Автором проекта является М.Л. Лукина. Положение и описание медали были утверждены 12 декабря 1945 года и дополнены 5 февраля 1951 года. Всего медалью «За победу над Японией» награждено около 1800000 человек. Одна из таких наград, находящаяся сейчас в фондах музея, принадлежала выдающемуся советскому хирургу  Владимиру Николаевичу Шамову. 

В годы Великой Отечественной войны В.Н. Шамов являлся заместителем главного хирурга Советской Армии. В 1945 году он был назначен главным хирургом Ставки Верховного командования Дальневосточных фронтов. Владимир Николаевич также являлся одним из основоположников института переливания крови СССР. Ещё в далёком 1919-ом году, 20-го ноября, в клинике факультетской хирургии Военно-медицинской академии Шамов произвел первое переливание крови с учетом групповой принадлежности донора и реципиента. Но на этом его успехи не закончились. В 1928 году Владимир Николаевич предложил и успешно провёл переливание трупной крови. Свою карьеру Шамов закончил в звании генерал-лейтенанта медицинской службы. Помимо военных наград, среди которых несколько орденов Ленина и Красного Знамени, Владимир Николаевич в 1962 году был удостоен Ленинской премии за разработку и внедрение в практику метода заготовки и использования фибринолизированной крови. Помимо всего прочего В.Н. Шамовым написано огромное количество трудов понейрохирургии. Он является одним из основоположников трансплантологии в СССР и создателем научной школы военной нейрохирургии. 

В фондах музея более сотни предметов, связанных с Шамовым В.Н., и это не удивительно – ведь Владимир Николаевич был редактором и научным консультантом масштабного труда «Опыт советской медицины в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.», который создавался в стенах Военно-медицинского музея. 

Одну из его заслуженных наград – медаль «За победу над Японией» можно увидеть в выставочном пространстве «Гуманное оружие победы» на выставке «Красный крест, красное солнце».